Theo truyền thuyết của giáo phái này, thì Bửu Sơn (núi báu) là Thất Sơn, mà linh thiêng nhất là núi Cấm. Kỳ hương tức là mùi hương lạ. Hội Long Hoa sau thời Mạt pháp sẽ được Phật Di-lặc thành lập ở đó để đón nhận những ai biết tu hiền.

Trước thực trạng nghèo đói và bệnh tật triền miên, nghe nói hội Long Hoa[4] giống như cõi Tiên tại thế, mà việc hành đạo lại rất dễ, nên người tin theo ngày càng đông.

Người đến quy y sẽ được Đoàn Minh Huyên cấp cho một tấm "lòng phái" (mảnh giấy màu vàng có ghi bốn chữ "Bửu Sơn kỳ Hương" màu son), được truyền dạy giáo lý "học Phật- tu Nhân"[5], tức là noi theo giáo lý Đức Phật mà tu sửa con người, tích cực thực hành thuyết "Tứ ân (ơn)", đó là: Ân tổ tiên cha mẹ, Ân đất nước, Ân Tam bảo và Ân đồng bào nhân loại.

Về việc hành đạo, tuy lấy đạo Phật làm gốc, nhưng tín đồ đạo này không cần thờ tượng Phật (trên ngôi thờ Tam bảo chỉ cần thờ tấm trần điều màu đỏ[6]), không cần phải ly gia cắt ái, không cần ăn chay, cạo râu tóc, gõ mõ tụng kinh,...và không cần phải dâng cúng những lễ vật tốn kém (bông hoa, nước lã là đủ).Trong những lời sấm truyền của Phật Thầy để lại cho đệ tử có câu:Chừng nào gốc mộc nên chồiTa vưng sắc lệnh tái hồi trần gianHay câu:Nay già đã hết già hóa trẻNên giữa đông bổng lại có sôngVà một đều Phật Thầy Tây An có ba ngắn cổ sau này Đức Huỳnh Phú Sổ ra đời cũng có ba ngắn cổ và Ngài viết ra quyển 2 sấm giảng nhắc lại bút tích Phật Thầy nên hầu hết tín đồ Bửu Sơn Kỳ hương hay Phật giáo Hòa Hảo đều nhìn nhận.

Nhiều nhà nghiên cứu, trong đó có Sơn Nam cho rằng đây là lối tu theo thuyết "vô vi", tức là không chú trọng đến hình thức, không dụng tâm bày đặt ra cái này cái khác [7].

Sau này, đạo Tứ Ân Hiếu Nghĩa và đạo Hòa Hảo chịu ảnh hưởng sâu sắc các yếu lý trên [8].Tại nơi trại ruộng làng Thới Sơn Phật Thầy có truyền lại một bài sấm ngữ:

Bửu Ngọc Quân Minh Thiên Việt Nguyên

Sơn Trung Sư Mạng Địa Nam Tiền

Kỳ Niên Trạng Tái Tân Phục Quốc

Hương Xuất Trình Sanh Tạo Nghiệp Yên.

Bửu Sơn Kỳ Hương

Ngọc Trung Niên Xuất

Quân Sư Trạng Trình

Minh Mạng Tái Sanh

Thiên Địa Tân Tạo

Việt Nam Phục Nghiệp

Nguyên Tiền Quốc Yên.